Mialatt Pál Rómában áldásosan működött, és sok lélek megtérésére, valamint a hívők bátorítására szolgált, a láthatáron sötét felhők tömörültek, amelyek nem csupán az ő biztonságát, hanem az egyház létét, fejlődését is fenyegették. Rómába érkezésekor a császári testőrség századosának adták át, aki jóravaló, igazságos ember volt. Jószívűsége folytán Pál aránylag szabadon mozoghatott, és fejleszthette az evangélium művét. Azonban mielőtt még kétévi fogsága letelt volna, ezt a századost olyan hivatalnok váltotta le, akitől Pál nem várhatott különösebb jóindulatot.
A zsidók most még tevékenyebben áskálódtak Pál ellen, mint valaha; jó segítőre találtak Néró második feleségében. Ez az elvetemült asszony prozelita volt, aki felhasználta minden befolyását, hogy gonosz szándékukat pártfogolja a kereszténység buzgó harcosával szemben.
A császártól, akire Pál hivatkozott, nemigen várhatott igazságos ítéletet. Néró életmódja züllöttebb, jelleme elvetemültebb volt, mint valamennyi elődjéé; sőt fokozott kegyetlenkedéseket hajtott végre. A kormányzatot nála erőszakosabb uralkodóra már nem lehetett volna bízni. Uralkodásának első esztendejében fiatal mostohaöccsét, a jogos trónörököst mérgeztette meg. Néró azután fokról fokra süllyedt, mind mélyebbre a bűnök és gonosztettek posványában, míg saját édesanyját és azután feleségét is meggyilkolta. Nem volt olyan gaztett, amelyre képes ne lett volna, vagy olyan jellemtelenség, amelyre nem lett volna kapható. Minden nemesen érző lélekben csak undort és megvetést keltett.
Az udvarában végrehajtott gonosztettek részletei sokkal aljasabbak és borzalmasabbak, hogysem leírhatók volnának. Aljas rémtettei még azokban is undort és iszonyatot keltettek, akik kényszerítve voltak részt venni bennük. Állandó rettegésben tartotta őket az, vajon legközelebb milyen új borzalmat eszel ki. De még ezek a gonosztettek, amelyeket Néró elkövetett, sem ingatták meg alattvalói hűségét. Az egész civilizált világ teljhatalmú uralkodójának ismerték el. Sőt, úgy tisztelték és dicsőítették, mint Istent.
Emberi megítélés és mérlegelés szerint ilyen bíró előtt Pál halálos ítélete teljesen biztos volt. Az apostol azonban tudta, hogy addig, amíg Istenhez hű marad, nincs mitől félnie. Isten, aki megőrizte a múltban, megóvhatja most is a zsidók gyűlölete és a császár hatalma elől.
És valóban, Isten megoltalmazta szolgáját. Pál kihallgatásakor az ellene felhozott vádakat nem tudták bizonyítani. Az általános várakozás ellenére, jellemével össze nem egyeztethető igazságérzettel Néró kijelentette, hogy a fogoly ártatlan! Az apostol béklyóit leoldozták; ismét szabad emberré lett.
Ha Pál kihallgatását tovább halasztják, vagy őt valamilyen okból a következő évig visszatartják Rómában, akkor minden bizonnyal életét veszti a kitört üldözés alkalmával. Fogsága alatt ugyanis annyira magnövekedett a keresztény hitre tértek száma, hogy felkeltette a hatóságok figyelmét és ellenségeskedését. A császár haragját különösen az szította fel, hogy udvartartásának tagjai közül többen megtértek; csakhamar talált is módot rá, hogy a keresztényekkel kegyetlenkedjék.
Akkortájt Rómában borzalmas tűzvész ütött ki, amely majdnem a fél várost elpusztította. Az a hír járta, hogy Néró maga gyújtotta fel a várost. Hogy a gyanú árnyát is eloszlassa, igyekezett különösen nagylelkűen bánni a tűzvész áldozataival, amennyiben bőkezűen segítségére sietett a hajléktalanoknak és tehetetleneknek. Mindamellett őt vádolták ezzel a gonosztettel. A nép izgatott volt és feldühödött; tehát hogy minden gyanút eltereljen, és egyszersmind megszabaduljon attól a néprétegtől, amelytől félt és amelyet gyűlölt, Néró a gyújtogatással a keresztényeket vádolta meg. Fondorlata eredményes volt; Krisztus követőinek ezreit – férfiakat, nőket és gyermekeket – gyilkolták le a legborzalmasabb módon.
Ettől a borzalmas üldözéstől Pál megmenekült, mert szabadlábra helyezése után azonnal eltávozott Rómából. Ezt az utolsó, rövid szabadságát arra használta fel, hogy szorgalmasan munkálkodjék a gyülekezetekért. Különösen arra törekedett, hogy a görög és a keleti gyülekezetek között szorosabb egységet, kapcsolatokat létesítsen; a hívők lelkületét megerősítse, ellenállóbbá tegye a beszivárgó hamis tanokkal szemben, amelyek a hitet veszélyeztették.
Az a sok viszontagság és aggodalom, amelyet Pál elszenvedett, felőrölte testi erejét. Az öregség törődöttsége érezhetővé vált nála. Tudta, hogy munkássága vége felé közeleg. De minél rövidebb idő állt rendelkezésére, annál inkább fokozta igyekezetét. Buzgósága nem ismert határt. Céltudatosan, gyors elhatározással, erős hittel utazgatott mindenfelé, gyülekezetről gyülekezetre. Igyekezett megerősíteni a hívőket, hogy kitartó, hűséges munkát végezzenek a lelkekért, akiket Krisztusnak nyernek meg. Bátorította a testvéreket, hogy az előttük álló nehéz időkben is hűségesen, állhatatosan vallják meg Urukat, Jézus Krisztust.