Felmentése után Pál működése a gyülekezetek érdekében nem kerülhette el ellenségei figyelmét. Mióta Néró megkezdte az üldözést, a keresztényeket mindenfelé számkivetett felekezetnek tartották. Nemsokára a hitetlen zsidóknak az az eszméjük támadt, hogy bevádolják Pált, mint bujtogatót, Róma felgyújtásának bűntettével. Noha Pál bűnösségében egy pillanatig sem hitt egyikük sem, mégis tudták, hogy ez a vád, a valószínűség legcsekélyebb látszatával, sorsát megpecsételné. Mesterkedéseik következtében Pált újból elfogták, és gyorsan börtönbe vetették – utoljára.

Erre a második útjára több régi munkatársa is elkísérte Pált Rómába. Mások is komolyan óhajtottak sorsában osztozni, ellenben Pál nem engedte meg nekik, nehogy életüket veszélyeztessék. Kilátásai sokkal rosszabbak voltak most, mint előző fogságának idején. Néró alatt az üldözések a keresztények számát Rómában jelentékenyen csökkentették. Ezrek szenvedtek mártírhalált hitükért. Sokan eltávoztak a városból, a visszamaradtak pedig megfélemlettek és elcsüggedtek.

Megérkezése után Pált Rómában sötét föld alatti börtönbe zárták, ahol pályafutását be is fejezte. A szörnyű vád miatt, hogy a legaljasabb és legborzalmasabb gonosztettet követte el a város népe ellen, közutálat volt a sorsa.

Néhány barátja, aki segített hordozni terheit, lassankint elhagyta. Egyesek elmenekültek, másokat az apostol megbízásokkal küldött a különböző gyülekezetekhez. Pigellus és Hermogenes voltak az elsők, akik távoztak. Azután Démás is elhagyta az üldözött apostolt, mert megfélemlett a viszontagságok és veszélyek mindinkább tornyosuló felhőitől. Krescenst pedig Pál küldte a galáciai gyülekezetekbe; Titust Dalmácziába, Tikhikust pedig Efézusba. Ezen élményeiről Pál írja Timótheusnak: „Egyedül Lukács van velem.” (II. Tim. 4:11) Az apostol még sohasem érezte annyira szükségét hittestvérei támaszának, mint éppen most, amikor öregségtől, fáradtságtól és betegségtől legyengülve, a nyirkos-dohos, sötét római börtön rabja volt. Lukács, a szeretett tanítvány és hűséges barát szolgálatai nagy vigaszára szolgáltak Pálnak. Csakis ez tette lehetségessé számára a hittestvérekkel és a külvilággal való érintkezést.

E válságos napokban nagy örömöt okozott Pálnak Onésiforus gyakori látogatása. Ez a melegszívű efézusi hívő mindent megtett, ami módjában állt, hogy enyhítse Pál fogságát. Szeretett tanítója bilincseket hord az igazságért, mialatt ő maga szabadon jár-kel; semmi fáradságot sem sajnált tehát, hogy elviselhetőbbé tegye Pál sorsát.

A szeretet és részvét utáni vágyat Isten ültette az emberi szívbe. Krisztus is a Gethsemáné kertjében, nagy lelki küzdelmeinek órájában vágyott tanítványai részvétére. Pál, noha a szenvedéseket és nehézségeket panasz nélkül viselte el, szintén sóvárgott emberi részvét és társak után. Onésiforus látogatásai – hűségének bizonyítéka – éppen az elhagyatottság és egyedüllét idején, boldoggá és vidámmá tették az apostolt, aki egész életét embertársai szolgálatára szentelte.